Berlin, années 1940. Bruno est décontenancé lorsque son père, officier de l'armée allemande, suite à une promotion, oblige sa petite famille à quitter sa belle résidence de la capitale pour aller s'établir dans une austère maison de campagne. Aussitôt arrivé, l'enfant est intrigué par la «ferme» située à l'arrière, au-delà de l'enceinte de la propriété. Parvenu à échapper à la vigilance de sa mère, Bruno s'approche du lieu mystérieux, ceinturé de barbelés, duquel une fumée noire s'échappe, et dans lequel fourmillent des gens vêtus de pyjamas à rayures. Du côté opposé de la clôture se dresse le petit Schmuel, un enfant de son âge, que Bruno envie de faire partie des personnes admises dans ce qu'il perçoit être une colonie de vacances. L'amitié qui se tisse entre les deux enfants, à l'insu de tous, aura des conséquences tragiques...
